实验目的:本研究旨在对全基因组DNA样品进行200-500bp范围内的均一性片段化处理,以提升后续基因组分析的准确性和可靠性。

实验仪器及材料
人生就是博实验中采用了三款非接触式打断仪器,具体如下:
- 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
- bioruptor-非接触式超声破碎仪
- 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
实验材料方面,使用了浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤
1. 在实验开始前15分钟,启动三款仪器的冷水机,设置温度为4℃。
2. 每个爱思进品牌的15mL EP管中加入100μL浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
3. 将装有样品的15mL EP管分别放入三款仪器的适配器中,其余空位用同样体积的水填补。
4. 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长分别为15分钟和20分钟,进行两组梯度对比。
5. 程序结束后,取出样品并使用毛细管电泳方法检测基因组片段化情况。
实验结果
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为3100bp。
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为3001bp。
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为4329bp。
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为4058bp。
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为3655bp。
程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为3881bp。
4. 各仪器实验结果汇总:
在进行基因组片段化检测时,200-500bp区间的片段占比越高,峰图越平缓,说明片段的均一性越好。在相同样品和程序条件下,bioruptor非接触式超声破碎仪及小美超声聚能式超声波DNA打断仪在200-500bp区间的占比分别为58.3%和65.4%,并呈陡坡状的峰图,表明基因组片段的均一性较差。而小美超声高通量声波基因组剪切仪在200-500bp区间的占比达到64.7%,且峰图较平缓,显示出更优的片段均一性。